Africa-Places.com ने मुकोनो में लगभग 3 ग़ैर सरकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। मुकोनो के कुछ टॉप रेटेड ग़ैर सरकारी संगठन हैं। ईएसीओ युगांडा, कटोसी इंटर कम्युनिटी डेवलपमेंट एलायंस - मुख्य कार्यालय & कैटोसी इंटरकम्युनिटी डेवलपमेंट एलायंस - मुख्य कार्यालय।