Africa-Places.com ने मुकोनो में लगभग 2 निजी विश्वविद्यालय को सूचीबद्ध किया है। मुकोनो के कुछ टॉप रेटेड निजी विश्वविद्यालय हैं। युगांडा क्रिश्चियन यूनिवर्सिटी हांडी & युगांडा क्रिश्चियन यूनिवर्सिटी मुकोनो।