Africa-Places.com ने मुकोनो में लगभग 22 स्कूलों को सूचीबद्ध किया है। मुकोनो के कुछ टॉप रेटेड स्कूलों हैं। मुकोनो स्कूल ऑफ हेल्थ साइंसेज, हाथ माध्यमिक विद्यालय, युगांडा ईसाई विश्वविद्यालय - मुख्य परिसर, हाथ बेल माध्यमिक, सेंट एलिजाबेथ संस्थान, अवर लेडी ऑफ अफ्रीका एस.एस. नामिल्यांगो, मिरेम्बे प्राइमरी स्कूल, बिशप्स वेस्ट प्राइमरी स्कूल माले, माइलस्टोन जूनियर स्कूल & गुणवत्ता शिक्षा प्राथमिक विद्यालय मुकोनो।